Cryptosporidien zählen zu den einzelligen Parasiten, zeigen zum Teil geringe Wirtsspezifität und sind hochinfektiös. Die Oozysten stellen die inaktive, infektiöse Dauerform des Parasiten dar. Diese werden mit dem Kot infizierter Tiere ausgeschieden und sind in der Außenwelt sehr widerstandsfähig. Bei mangelnder Stallhygiene stellen sie eine permanente Infektionsquelle und damit einen entscheidenen Pathogenitätsfaktor in einem Durchfallgeschehen dar. Nach oraler Aufnahme der Cryptosporidien-Oozysten werden aus diesen ihre vegetativen, vermehrungsfähigen Formen, die Sporozoiten, frei und vermehren sich in den Darmepithelzellen des Mikrovillisaums. Durch starken Befall der Mikrovilli mit Cryptosporidien kann es zu Resorptionsstörungen kommen.

Verschiedene Cryptosporidien sind für das Schwein pathogen. Monoinfektionen können beim Ferkel zu chronischen asymptomatischen Infektionen mit zum Teil hoher Ausscheidungsrate von Oozysten führen, die jedoch bei Sekundärinfektionen mit weiteren enteropathogenen Erregern, z. B. Rotaviren, eine dramatische Zunahme von klinischen Durchfallsymptomen und des Schweregrades der Erkrankung aufweisen können.

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